Организация геномного надзора за респираторными вирусными инфекциями, циркулирующими на территории города Москвы

Введение. Вспышки острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ) экономически воздействуют на систему здравоохранения и представляют угрозу общественному благополучию. Контроль заболеваемости ОРВИ в условиях мегаполиса, особенно в период пандемии COVID-19, остро нуждался в адекватном инструменте для выявления мутаций и вариантов, уклоняющихся от вакцинального иммунитета и инициирующих подъём заболеваемости. Для своевременного реагирования требовался геномный надзор.

Цель исследования — организация Московского геномного центра для геномного надзора за ОРВИ и COVID-19 с оценкой результатов в период сезонных вспышек на территории столицы.

Материалы и методы. При поддержке Департамента здравоохранения города Москвы разработаны и реализованы управленческие и логистические мероприятия, Программа высокопроизводительного секвенирования (NGS) в образцах пациентов в плановом режиме и в период подъёма заболеваемости ОРВИ и COVID-19, технические процедуры выполнения NGS, обеспечена безопасность обмена данными и биобезопасность медицинского персонала.

Результаты. В структуре Департамента здравоохранения города Москвы создан Московский геномный центр. За период с октября 2023 г. по апрель 2024 г. данные таргетного NGS (панель на 32 патогена, исследовано 6528 образцов): SARS-CoV-2 доминировал весь период, заболеваемость гриппом А (H3N2) резко возросла с начала декабря и резко снизилась к концу января. Сменяемость генетических линий SARS-CoV-2: доминировала линия XBB (наиболее представлены: XBB.1.16, XBB.1.16.11) с октября по конец января, затем преобладала линия JN (наиболее представлена: JN.1, также встречаются JN.1.13, JN.1.18, JN.1.19, JN.1.4). Сменяемость штаммов гриппа А: доминировали H3N2 (A/Massachusetts/01/2020) и H3N2 (A/Massachusetts/38/2019) с декабря по февраль.

Ограничения исследования. Для NGS использовали таргетную панель на 32 респираторных вируса, наиболее часто встречающихся в московской популяции. Неполное покрытие всего вириома — условное ограничение.

Заключение. В столице организован репрезентативный, качественный и непрерывный генетический надзор. Московский геномный центр успешно реализовал Программу NGS-тестирования и поддержку Российского геномного ресурса микроорганизмов VGARus.

Соблюдение этических стандартов. Исследование одобрено этическим комитетом по экспертизе исследований в сфере общественного здоровья, организации и социологии здравоохранения при ГБУ «НИИОЗММ ДЗМ» (протокол от 18.09.2023 № 09-03/ЭК/2023). 

Согласие пациентов. Все участники дали информированное добровольное письменное согласие на участие в исследовании и публикацию персональной медицинской информации в обезличенной форме.

Участие авторов:
Латыпова М.Ф. — анализ материала, составление и написание текста;
Комаров А.Г. — концепция и дизайн исследования;
Мигяев О.К. — сбор и обработка материала;
Шпакова О.Г. — выполнение исследований, получение результатов, составление списка литературы;
Веневцев Е.О. — участие в организационных мероприятиях по созданию Московского геномного центра.
Все соавторы — утверждение окончательного варианта статьи, ответственность за целостность всех частей статьи.

Финансирование. Организационные мероприятия и материально-техническое обеспечение геномного центра ГБУЗ «МНПЦЛИ ДЗМ» проводились при поддержке Департамента здравоохранения города Москвы.

Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов в связи с публикацией данной статьи.

Поступила 31.05.2024 / Принята к печати 03.10.2024 / Опубликована 06.11.2024

1. Colijn C., Earn D.J., Dushoff J., Ogden N.H., Li M., Knox N., et al. The need for linked genomic surveillance of SARS-CoV-2. Can. Commun. Dis. Rep. 2022; 48(4): 131–9. https://doi.org/10.14745/ccdr.v48i04a03

2. WHO. Statement on the fifteenth meeting of the IHR (2005) Emergency Committee on the COVID-19 pandemic; 2023. Available at: https://who.int/news/item/05-05-2023-statement-on-the-fifteenth-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic

3. Contreras S., Iftekhar E.N., Priesemann V. From emergency response to long-term management: the many faces of the endemic state of COVID-19. Lancet Reg. Health Eur. 2023; 30: 100664. https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2023.100664

4. Callaway E. COVID’s future: mini-waves rather than seasonal surges. Nature. 2023; 617(7960): 229–30. https://doi.org/10.1038/d41586-023-01437-8

5. Hyams C., Challen R., Marlow R., Nguyen J., Begier E., Southern J., et al. Severity of Omicron (B.1.1.529) and Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 infection among hospitalised adults: A prospective cohort study in Bristol, United Kingdom. Lancet Reg. Health Eur. 2023; 25: 100556. https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2022.100556

6. Wolter N., Jassat W., Walaza S., Welch R., Moultrie H., Groome M., et al. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 omicron variant in South Africa: a data linkage study. Lancet. 2022; 399(10323): 437–46. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(22)00017-4

7. Nealon J., Cowling B.J. Omicron severity: milder but not mild. Lancet. 2022; 399(10323): 412–3. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(22)00056-3

8. WHO. Statement on the update of WHO’s working definitions and tracking system for SARS-CoV-2 variants of concern and variants of interest; 2023. Available at: https://who.int/news/item/16-03-2023-statement-on-the-update-of-who-s-working-definitions-and-tracking-system-for-sars-cov-2-variants-of-concern-and-variants-of-interest

9. Flahault A., Calmy A., Costagliola D., Drapkina O., Eckerle I., Larson H.J., et al. No time for complacency on COVID-19 in Europe. Lancet. 2023; 401(10392): 1909–12. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(23)01012-7

10. Fernandes Q., Inchakalody V.P., Merhi M., Mestiri S., Taib N., Moustafa Abo El-Ella D., et al. Emerging COVID-19 variants and their impact on SARS-CoV-2 diagnosis, therapeutics and vaccines. Ann. Med. 2022; 54(1): 524–40. https://doi.org/10.1080/07853890.2022.2031274

11. Triveri A., Serapian S.A., Marchetti F., Doria F., Pavoni S., Cinquini F., et al. SARS-CoV-2 spike protein mutations and escape from antibodies: a computational model of epitope loss in variants of concern. J. Chem. Inf. Model. 2021; 61(9): 4687–700. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00857

12. Otto S.P., Day T., Arino J., Colijn C., Dushoff J., Li M., et al. The origins and potential future of SARS-CoV-2 variants of concern in the evolving COVID-19 pandemic. Curr. Biol. 2021; 31(14): R918–29. https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.06.049

13. Carabelli A.M., Peacock T.P., Thorne L.G., Harvey W.T., Hughes J., Peacock S.J., et al. SARS-CoV-2 variant biology: immune escape, transmission and fitness. Nat. Rev. Microbiol. 2023; 21(3): 162–77. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00841-7

14. This is no time to stop tracking COVID-19. Nature. 2022; 603(7902): 550. https://doi.org/10.1038/d41586-022-00788-y

15. Gov.UK. 2023. Press release. COVID-19 testing approach from April, 2023. Available at: https://gov.uk/government/news/covid-19-testing-approach-from-april-2023